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加算波形にSSPをかける... 1

MNE-Python tutorialのこの部分を試してみました。

いろいろ導入

いろいろ読み込みます。

import numpy as np

import mne

from mne.datasets import sample

from mne.preprocessing import compute_proj_ecg,compute_proj_eog

raw_fname='c:\\Users\\akira\\mne_data\\MNE-sample-data\\MEG\\sample\\sample_audvis_filt-0-40_raw.fif'

raw=mne.io.read_raw_fif(raw_fname,preload=True,add_eeg_ref=False)

raw.set_eeg_reference()

raw.pick_types(meg=True,ecg=True,eog=True,stim=True)

Signal Space Projectionの計算

心電図を使ってcompute_proj_ecg()を使って固有値ベクトルを求めます。Gradiometer用が1個、magnetometer用が1個です。

projs,events=compute_proj_ecg(raw,n_grad=1,n_mag=1,average=True)

print(projs)

projsの中身です。最初の4つは使いません。5,6のトポグラフィを書かせます。

<Projection | PCA-v1, active : False, n_channels : 102>,

<Projection | PCA-v2, active : False, n_channels : 102>,

<Projection | PCA-v3, active : False, n_channels : 102>,

<Projection | Average EEG reference, active : False, n_channels : 60>,

ecg_projs=projs[-2:]

mne.viz.plot_projs_topomap(ecg_projs) # Matlabだとecg_projcs(end-1:end)

眼電図を使って同じようにgradiometer、magnetometerに1個ずつの固有ベクトルを求めます。

projs,events=compute_proj_eog(raw,n_grad=1,n_mag=1,average=True)

print(projs)

eog_projs=projs[-2:]

mne.viz.plot_projs_topomap(eog_projs)

SSPをかける

SSPをかけてみます。

raw.plot(duration=10,n_channels=20)

raw.info['projs']+=eog_projs+ecg_projs

raw.plot(duration=10,n_channels=20)

かける前です。

かけた後です。

心電図の影響が消えています。たぶん眼電図の影響も消えてます。

加算波形にSSPをかける

STI 014=1をトリガーにしてgradiometer 4000×10^-13以上、magnetometer 4×10^-12以上、脳波150×10^-6以上のエポックは無視し、-0.2～0.3秒の加算平均を作成します。基線は0秒以前で補正します。SSPをかける前の波形を見てみます。

events=mne.find_events(raw,stim_channel='STI 014')

reject=dict(grad=4000e-13,mag=4e-12,eog=150e-6)

event_id={'auditory/left':1}

epochs_no_proj=mne.Epochs(raw,events,event_id,tmin=-0.2,tmax=0.5,proj=False,baseline=(None,0),reject=reject)

epochs_no_proj.average().plot(spatial_colors=True)

エラーが出ますが無視します。

C:\Users\akira\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\figure.py:1742: UserWarning: This figure includes Axes that are not compatible with tight_layout, so its results might be incorrect.

warnings.warn("This figure includes Axes that are not "

SSPをかけた後です。

違いがよくわかりませんね。細かく見ていきます。

times=np.arange(0.05,0.15,0.01)

evoked=mne.Epochs(raw,events,event_id,tmin=-0.2,tmax=0.5,proj=False,baseline=(None,0),reject=reject).average()

evoked.plot_topomap(times)

evoked=mne.Epochs(raw,events,event_id,tmin=-0.2,tmax=0.5,proj=True,baseline=(None,0),reject=reject).average()

evoked.plot_topomap(times)

SSPなしです。

SSPありです。

上の図の方が素直な感じがします。下の図は眼電図がはいっているような感じ。但しfTの値をみれば下の図の方が小さいのでSSPはかかってるんだと思います。

Interactiveに操作できるそうです。

evoked=mne.Epochs(raw,events,event_id,tmin=-0.2,tmax=0.5,proj='delayed',baseline=(None,0),reject=reject).average()

evoked.plot_topomap(times,proj='interactive')

SSPなしの時と同じです。このチェックボックスをクリックすれば変化が分かるはず・・・

SSP projection vectorsのチェックボックスをクリックしてみます。

落ちてしまいました。Bugですかね。