内容

Anaconda2のインストール

2017年4月の時点でPython3ではMNE-pythonは三次元の描画が事実上できません。三次元描画機能のMayaviやPySurferというmoduleがPython2のみに対応していて、Python3には対応していないことが原因です。

Anaconda2をダウンロードします。

インストールします。

コマンドプロンプトを起動します。

Microsoft Windows [Version 10.0.14393]

C:\Users\akira>conda --version

conda 4.3.14

C:\Users\akira>python -V

Python 2.7.13 :: Anaconda 4.3.1 (64-bit)

pythonのversionは最後にインストールしたAnacondaのversionになります。

pythonの初期状態はpythonは2.7になっています。

MNE-python2のインストール

以下を実行します。

conda install spyder

conda install scipy matplotlib scikit-learn mayavi ipython-notebook

pip install PySurfer

pip install mne --upgrade

spyderをインストールします。

C:\Users\akira>conda install spyder

Fetching package metadata .............

Solving package specifications: .

Package plan for installation in environment C:\Users\akira\Anaconda2:

The following packages will be UPDATED:

spyder: 3.1.2-py27_0 --> 3.1.3-py27_0

Proceed ([y]/n)?

yを押します。

Proceed ([y]/n)? y

spyder-3.1.3-p 100% |###############################| Time: 0:00:00 6.87 MB/s

CRITICAL root:__init__(123): Unable to create AllUsers menu folder

menuinst Exception:Traceback (most recent call last):

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\conda\gateways\disk\create.py", line 150, in make_menu

menuinst.install(join(prefix, win_path_ok(file_path)), remove, prefix)

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 66, in install

_install(path, remove, prefix)

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 46, in _install

m.create()

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\win32.py", line 136, in create

os.mkdir(self.path)

WindowsError: [Error 5] アクセスが拒否されました。: u'C:\\ProgramData\\Microsoft\\Windows\\Start Menu\\Programs\\Anaconda2 (64-bit)'

C:\Users\akira>

エラーが出ますが無視します。

次にscipy、matplotlib、scikit-learn、mayavi、ipython-notebookをインストールします。

C:\Users\akira>conda install scipy matplotlib scikit-learn mayavi ipython-notebook

Fetching package metadata .............

Solving package specifications: .

Package plan for installation in environment C:\Users\akira\Anaconda2:

The following NEW packages will be INSTALLED:

apptools: 4.4.0-py27_0

envisage: 4.5.1-py27_0

ipython-notebook: 4.0.4-py27_3

mayavi: 4.5.0-py27_0

pyface: 5.1.0-py27_0

traits: 4.6.0-py27_0

traitsui: 5.1.0-py27_0

vtk: 6.3.0-py27_1

The following packages will be UPDATED:

anaconda: 4.3.1-np111py27_0 --> custom-py27_0

conda: 4.3.14-py27_1 --> 4.3.16-py27_0

scipy: 0.18.1-np111py27_1 --> 0.19.0-np111py27_0

The following packages will be DOWNGRADED due to dependency conflicts:

anaconda-navigator: 1.5.0-py27_0 --> 1.2.3-py27_0

matplotlib: 2.0.0-np111py27_0 --> 1.5.1-np111py27_0

pyqt: 5.6.0-py27_2 --> 4.10.4-py27_1

qtconsole: 4.2.1-py27_2 --> 4.2.1-py27_0

Proceed ([y]/n)?

yを押します。

Proceed ([y]/n)? y

anaconda-custo 100% |###############################| Time: 0:00:00 1.53 MB/s

pyqt-4.10.4-py 100% |###############################| Time: 0:00:04 7.81 MB/s

traits-4.6.0-p 100% |###############################| Time: 0:00:00 8.24 MB/s

vtk-6.3.0-py27 100% |###############################| Time: 0:00:03 8.11 MB/s

pyface-5.1.0-p 100% |###############################| Time: 0:00:00 8.82 MB/s

scipy-0.19.0-n 100% |###############################| Time: 0:00:01 8.28 MB/s

matplotlib-1.5 100% |###############################| Time: 0:00:00 7.25 MB/s

traitsui-5.1.0 100% |###############################| Time: 0:00:00 8.91 MB/s

anaconda-navig 100% |###############################| Time: 0:00:00 8.44 MB/s

apptools-4.4.0 100% |###############################| Time: 0:00:00 4.63 MB/s

conda-4.3.16-p 100% |###############################| Time: 0:00:00 7.92 MB/s

envisage-4.5.1 100% |###############################| Time: 0:00:00 8.57 MB/s

mayavi-4.5.0-p 100% |###############################| Time: 0:00:01 8.12 MB/s

qtconsole-4.2. 100% |###############################| Time: 0:00:00 10.41 MB/s

ipython-notebo 100% |###############################| Time: 0:00:00 4.16 MB/s

CRITICAL root:__init__(123): Unable to create AllUsers menu folder

menuinst Exception:Traceback (most recent call last):

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\conda\gateways\disk\create.py", line 143, in make_menu

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 66, in install

_install(path, remove, prefix)

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 46, in _install

m.create()

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\win32.py", line 136, in create

os.mkdir(self.path)

WindowsError: [Error 5] アクセスが拒否されました。: u'C:\\ProgramData\\Microsoft\\Windows\\Start Menu\\Programs\\Anaconda2 (64-bit)'

CRITICAL root:__init__(123): Unable to create AllUsers menu folder

menuinst Exception:Traceback (most recent call last):

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\conda\gateways\disk\create.py", line 143, in make_menu

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 66, in install

_install(path, remove, prefix)

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 46, in _install

m.create()

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\win32.py", line 136, in create

os.mkdir(self.path)

WindowsError: [Error 5] アクセスが拒否されました。: u'C:\\ProgramData\\Microsoft\\Windows\\Start Menu\\Programs\\Anaconda2 (64-bit)'

CRITICAL root:__init__(123): Unable to create AllUsers menu folder

menuinst Exception:Traceback (most recent call last):

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\conda\gateways\disk\create.py", line 143, in make_menu

return

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 66, in install

_install(path, remove, prefix)

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 46, in _install

m.create()

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\win32.py", line 136, in create

os.mkdir(self.path)

WindowsError: [Error 5] アクセスが拒否されました。: u'C:\\ProgramData\\Microsoft\\Windows\\Start Menu\\Programs\\Anaconda2 (64-bit)'

CRITICAL root:__init__(123): Unable to create AllUsers menu folder

menuinst Exception:Traceback (most recent call last):

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\conda\gateways\disk\create.py", line 143, in make_menu

return

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 66, in install

_install(path, remove, prefix)

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\__init__.py", line 46, in _install

m.create()

File "C:\Users\akira\Anaconda2\lib\site-packages\menuinst\win32.py", line 136, in create

os.mkdir(self.path)

WindowsError: [Error 5] アクセスが拒否されました。: u'C:\\ProgramData\\Microsoft\\Windows\\Start Menu\\Programs\\Anaconda2 (64-bit)'

C:\Users\akira>

いろいろ拒否されますが無視します。

PySurferをインストールします。

C:\Users\akira>pip install PySurfer

Collecting PySurfer

Downloading pysurfer-0.7.tar.gz (44kB)

100% |################################| 51kB 1.1MB/s

Collecting nibabel>=1.2 (from PySurfer)

Using cached nibabel-2.1.0.zip

Building wheels for collected packages: PySurfer, nibabel

Running setup.py bdist_wheel for PySurfer ... done

Stored in directory: C:\Users\akira\AppData\Local\pip\Cache\wheels\bf\30\ab\0a48d6b684d1af7aa53c284dbd5d288adcf0b24445d6b7b50d

Running setup.py bdist_wheel for nibabel ... done

Stored in directory: C:\Users\akira\AppData\Local\pip\Cache\wheels\c4\ec\00\fc60c9723b56c777ab5979a0b7575114efe2e450186de0bf28

Successfully built PySurfer nibabel

Installing collected packages: nibabel, PySurfer

Successfully installed PySurfer-0.7 nibabel-2.1.0

C:\Users\akira>

次にmneをインストールします。

C:\Users\akira>pip install mne --upgrade

Collecting mne

Downloading mne-0.14.tar.gz (5.7MB)

100% |################################| 5.7MB 178kB/s

Building wheels for collected packages: mne

Running setup.py bdist_wheel for mne ... done

Stored in directory: C:\Users\akira\AppData\Local\pip\Cache\wheels\26\0b\fd\ca41c75468dfdf37cb977109f4589222b3729ed0639839f1f3

Successfully built mne

Installing collected packages: mne

Successfully installed mne-0.14

C:\Users\akira>

動作を確認します。

pythonを起動し、

import mne

を実行し、エラーが出ないことをを確認します。

C:\Users\akira>python

Python 2.7.13 |Anaconda custom (64-bit)| (default, Dec 19 2016, 13:29:36) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)] on win32

Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.

Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org

>>> import mne

>>>

spyderを起動しても確認ができます。

C:\Users\akira>spyder

コンソールでspyderとする場合には最後にインストールしたanacondaの対応しているpythonのversionとなります。

Python3と住み分け

コンソールでpython3をインストールしたanaconda3から起動します。

C:\Users\akira\Anaconda3\python Microsoft Windows [Version 10.0.14393]

C:\Users\akira>c:\Users\akira\Anaconda3\python

Python 3.5.2 |Anaconda custom (64-bit)| (default, Jul 5 2016, 11:41:13) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)] on win32

Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>>

python 3.5.2が起動しました。

spyderはanaconda3のフォルダ\Scriptsにあります。

C:\Users\akira\Anaconda3\python Microsoft Windows [Version 10.0.14393]

C:\Users\akira>c:\Users\akira\Anaconda3\Scripts\spyder.exe

python 3.5用のspyderが起動しました。

jupyterは・・・

3.5.2でした。