FreeSurferのインストール

たぶんMNE-pythonでは前提としてFreeSurferなどで頭部の三次元画像データから脳を切り出したデータから電流源推定を行うんだと思います。要するにFreeSurferがどっかで必要になってきます。FreeSurferでの脳の切り出し処理は、経験上健常者で10時間強くらいかかりますので、ノートPCでするのはお勧めしません。

とりあえずFreeSurferのインストールの仕方について記しておきます。

FreeSurferのホームページからFreeSurferをダウンロードします。

ダウンロード先が/home/ns/Downloadsだとします。

インストール先の初期設定が/usr/localなのでsuperuserとなってインストールします。

Terminalを開いてsuperuserになった後、以下のコマンドを入力しFreeSurferを/usr/localに展開します。

tar xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz -C /usr/local

少し時間がかかりますが、そのうち終わります。

.licenseを/usr/local/freesurferにコピーします。

以下のテキストを.cshrcという名前で/home/nsに保存します。内容はパスの設定などです。

setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

setenv SUBJECTS_DIR /home/ns/Desktop

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh

Terminalを開いてcshと入力したところです。

FreeSurferの動作確認をします。FreeSurferで脳の切り出しなどを行うのは予め他のPCで作成した後とします。

/mnt/hgfs/H/FS/hashizume_akiraというフォルダをデスクトップ上/home/ns/DesktopにAという名前でリンクを作成します。

ln –s /mnt/hgfs/H/FS/hashizume_akira /home/ns/Desktop/A

デスクトップ上にAというリンクが作成されます。

Aに移動してtkmeditを走らせてみます。

cd /home/ns/Desktop/A

tkmedit A orig.mgz

なんかエラーが出てしましました。

が、とりあえず動くようです。