東京女子医の先生にいろいろ教わりました。
トリミングは機能的にやや不安定で突然BrainVISAが落ちることがあります。
内容
選択した大脳半球の範囲のトリミング
Morphologist→Morphologist 2015をダブルクリックします。
をクリックしてRaw T1 MRIを選択します。
Split Brain Maskを選択し、
をクリックします。
Anatomistが起動し、ウインドウが４つ開きます。Click here when finishedは手動補正が終わるまでそのままにしておきます。
ToolboxのタブをPaintにし、BrushedをDisk、Brush Radiusを5くらいにします。
ToolboxのタブをRoiManagementにします。選択したRegionの色が赤で表示されます。label_1を選択します。
ラベル１の領域が赤く表示されています。
スライドバーを操作し脳幹部分を表示します。不思議な形でボクセルが左右の大脳半球に含まれています。
を選択します。
ブラシが円で表示されています。
左ドラッグで選択したregionのボクセル追加、Ctrl＋左ドラッグでボクセル除去となります。
左ドラッグ中です。
左ボタンから指を外すとボクセルが選択したlabel_1に追加されます。label_2とlabel_3と重なる場合は透明度を下げなければ表示されません。
Ctrl＋左ドラッグしたところです。label_1の領域からボクセルが除去されています。
スライドバーをクリックしてカーソルキーを押してスライス面を変えます。
Ctrl＋左ドラッグで他のスライス面も脳幹にはみ出たlabel_1のボクセルを除去します。
左半球も同じように脳幹にはみ出たところをトリミングします。
label_2を選択します。
label_2が赤く表示されます。左ドラッグ or Ctrl＋左ドラッグで赤ボクセルの範囲を修正します。
左眼球の塗り絵
腫瘍の代わりに左目玉に塗り絵をしてみます。
Tool BoxのRegionを右クリックしRegion→Newを選択します。
とりあえずlabel_100とします。
次に読み込んだ場合、label_100になるとは限りません。
Okを押します。
label_100を選択します。
を選択し、左眼球を選択します。
マウスホイールをクルクルして拡大し、Ctrl＋Cで眼球を画面中心に持っていきます。
を選択します。
左ドラッグで範囲を選択します。
左ボタンから指を離すと
はみ出たところはCtrl＋左ドラッグでトリミングします。
スライス面を選択を続けていきます。他のlabelを選ぶと赤以外で表示されます。
OKを押すとボクセル修正した結果が保存されます。新規labelを登録してなければAnatomistが終了します。
左眼球の表示
Morphologist 2015のSpit Brain Maskを選択し、split_brain:の
をクリックします。
Anatomistの
をクリックします。
左右半球〇〇Lhemi.giiと〇〇Rhemi.giiを選択します。
選択した左右半球を
にドラッグします
左右の大脳半球が表示されます。
vorigraph.argの
をクリックします。
左眼球はlabel_100にしたはずが、何故かlabel_4となっています。label_4をドラッグします
座標がずれています。
左右半球を選択、右クリックしてReferential→Load information from the headerを選択します。
Ctrl＋Cで中心に画像を持っていきます。
マウスホイールのドラッグで回転、クルクルで拡大縮小となります。
label_4で選択した左眼球のボクセルが紫で表示されています。
