SPM12で標準脳化した中心溝をBrainVISAで計測
内容
SPM12の起動
SPM12を起動し、fMRIを選択します。
DICOMファイルのNIfTIファイル化
MRIcronでNIfTIファイル、〇〇niiを作成済みでしたら飛ばして構いません。但し圧縮形の〇〇.nii.gzだとSPM12は認識できず標準化できません。
DICOM Importを選択します。
DICOM filesをダブルクリックします。
DICOMファイルを選択します。
Doneを押します。
Output directoryをダブルクリックします。
右でフォルダを選択後Doneを押します。
をクリックします。
計算処理されています。この温度計マークが消えるとniiファイルが作成されています。
NIfTIファイルが作成されました。
Batch Editorは不要です。閉じてください。
SPM12による標準化
NormaliseのNormalise (Est & Wri)を選択します。
Dataをダブルクリックします。
Image to Alignをダブルクリックします。
先ほど作成したniiファイルを選択します。
Doneを押します。
Images to Writeをダブルクリックします。
先ほど選択したniiファイルをここでも選択します。Doneを押します。
Voxel sizesをダブルクリックし、Specifyを押します。
1 1 1に書き換えOKを押します。
を押します。
標準化中・・・。画面の線が消えたら終了です。
ws・・・が標準化されたniiファイルです。
Batch Editorは不要なので閉じます。
SPMも終了します。Quitを押します。
BrainVISAのデーターベースに登録
標準化したファイルをLinux（Ubuntu 12.04）側のフォルダにコピーします。
Ctrl+Alt+Tで端末を開き
/opt/brainvisa/BrainVISA
でBrainVISAを起動します。
Data Managementをクリックしimport→T1 MRI→Import T1 MRIを選択し、ダブルクリックします。
をクリックし、ws〇〇.niiを選択し、Runを押します。
終了後Import T1 MRIを閉じます。
脳表・脳溝のメッシュ化
Morphologistを選択し、Morphologist 2015をダブルクリックします。
Talairach Transform…とSulci Recognition２つにチェックをいれると自動的にSulci graph morphome…にもチェックが入ります。
、
をクリックしてws〇〇.niiを選択しOKを押します。
t1mri:の
をクリックします。
Anatomistが起動します。矢状断を選択します。
前交連・後交連・大脳半球間裂・左大脳半球の座標を指定します。
スライドバーを操作して正中を選択し、前交連をクリックします。
前交連の
をクリックし、座標取得します。
後交連をクリックします。
後交連のをクリックし、座標取得します。
前額断を選択し、スライドバーを移動させ、半球間裂をクリックします。
半球間裂のをクリックし、座標取得します。
左半球をクリックします。
左半球のをクリックし、座標取得します。これで準備完了です。Runを押します。
計算中です。
終了しました。
中心溝の同定
left_graph:の
をクリックします。
AnatomistにLws〇〇.argが表示されます。Brows.にドラッグします。
Browserが開きます。Graph nodesはunknownがいっぱいあります。
マークが
になっていることを確認します。マウスホイールのドラッグで画像を回転させ、ホイールを回して拡大・縮小を調整し、中心溝を見つけます。
を選択し、中心溝をクリックします。該当するnodes赤になり、unknownが反転します。ダブルクリックします。
unknownをcsにします。
Enterキーを押します。
unknownがcsになります。
中心溝の他の部位をクリックします。csに書き換えたところは青で表示されています。
上記の要領で中心溝のnodesを逐一選択し、全部csと書き換えます。Objectをクリックするとcsがまとまります。
Anatomistに戻り、Lws〇〇.argを右クリック→File→Saveを選択します。
上書き保存します。
中心溝の計測
Cortical Surface→anatomy→Sulcus Parameterization 2015をダブルクリックします。
をクリックします。
選んだ大脳半球側でLabelledでないCortical folds graphのws〇〇を選択します。
label_values:をcsとし、
をクリックします。
Data typeをSulcus mesh、File formatをMESH mesh、sulcus_nameをcsとするとSulcus meshが表示されます。
Okを押します。
Runを押します。
計算が終了しました。sulcus_mesh:の
をクリックします。
計測した中心溝です。
数値データは、sulciというフォルダに〇〇.txtに保存されています。
3列のテキストデータです。中心溝の端から端までを100分割して1列目は〇番目、2列目は深さ、3列目はprofileという複雑さです。
エクセルでグラフにしてみました。青が深さ、橙色が複雑さです。
