/home/ns/akiraのフォルダにMRIDICOMファイルがあるとします。

MRIcrondcm2nii/home/ns/Downloads/mricron_lxフォルダにあるとします。

CTRL+ATL+Tで端末を開き

./Downloads/mricron_lx/dcm2nii <MRIのフォルダ>とするとniiファイルが圧縮されたnii.gz形式で<MRIのフォルダ>に出力されます。

MRIフォルダ内に2つのnii.gzファイルが出力されています。

圧縮しなniiファイルで出力する場合には

./Downloads/mricron_lx/dcm2nii -g n <MRIフォルダ>とします。

2つのniiファイルが出力されます。

mricronで2つのファイルを比較してみました。

端末を開いて./Downloads/mricron_lx/mricronmricronを起動します。

mricronが起動します。niiファイルをドラッグします。

2…niiファイルです。

co2…niiファイルです。トリミングされています。

2つのniiファイルをSPMdisplayで見てみました。

2…nii256×256×86 voxelの切り出される前のデータです。

co2…nii192×221×86 voxelに切り出されたデータです。前後・左右が短くなっていて、ファイルサイズも小さくなっています。

SPMDICOM importで作成したniiファイルです。2…niiとほぼ同じ結果になります。

「ほぼ」というのはx軸の右手系と左手系の違いがある、という意味です。

Voxel sizexのところにマイナス記号があったりなかったりします。