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NIfTIファイルの読み書き

Matlab R2017bからimage processing toolboxでNIfTIファイルの読み書きができるようになりました。

GIfTIファイルには対応していません。

A MATLAB GIfTI library

のgifti-1.6.zip (v1.6)を使うことにします。

Matlabのコード

Matlabのコマンドは以下の通りです。

voronoi_〇〇は1 右半球、2 左半球、3 小脳、4 左眼球でラベルされた三次元配列です。通常4はないのでn=1:3で十分です。

%% パスの設定

addpath('c:/ToBeInstalled/MATLAB/gifti-1.6');% GIfTI Libraryのフォルダ

pathname='c:/Users/akira/';% データのあるフォルダ

%% データの読み込み

filename='voronoi_20000406_132343s002a1001.nii.gz';

info=niftiinfo([pathname,filename]);

data=niftiread([pathname,filename]);

data=data(end:-1:1,end:-1:1,end:-1:1); % データの並び替え

pixscale=diag(info.PixelDimensions);

for n=1:4 % 通常は n=1:3

v=double(data==n);

v=smooth3(v);

v=isosurface(v,0.7);

v.vertices=v.vertices(:,[2,1,3])*pixscale;

g=gifti(v);

switch n

case 1;savename='Rhemi.gii';

case 2;savename='Lhemi.gii';

case 3;savename='cerebellum.gii';

case 4;savename='Leye.gii';

end

save(g,[pathname,savename],'Base64Binary');

end

Ubuntuを起動し、4つのファイルをコピーします。場所は~/default_acquisition/default_analysis/meshとします。

BrainVISAを起動し、ViewersのAnatomist Show Meshをダブルクリックします。

をクリックします。

なんでもいいんですが、cerebellum.giiを選択します。

Runを押します。

Anatomistが起動し、小脳が表示されます。

をクリックします。

小脳以外の作成したメッシュを選択します。

をクリックします。

元データを選択します。

小脳以外をドラッグします。

小脳と左眼球が表示されています。また

元データの断面とメッシュが一致していることが確認できました。