東京女子医の先生にいろいろ教わりました。

フランス国エクス・マルセイユ大学のOlivier Coulon先生の解析手法だそうです。

 

MorphologistMorphologist 2015をダブルクリックします。

をクリックしてRaw T1 MRIを選択します。

をクリックしてleft_graph:を見てみます。

Anatomistが起動します。

〇〇.argを選択し、Brousに左ドラッグします。

新しいBrowserが開きます。

マウスホイールをドラッグして中心溝を画面中央にもってきます。

を選択します。

中心溝を左クリックします。中心溝の一部が赤で表示され、unknownと表示されている該当する部位が反転表示されます。

反転したunknownをダブルクリックするとウインドウが出現します。

unknowncsとし、Enterキーを押します。

unknowncsに変更されました。

隣の中心溝をクリックします。クリックしたところは赤で表示され、該当するunknownが反転表示されています。またcsに名称を変更したところは青に表示されています。

反転したunknownをダブルクリックしてcsと名称を変更します。

同じ要領で中心溝のunknowncsと書き換え、全部青に変えていきます。

csは散在しています。まとめるときはObjectをクリックします。

csがまとまります。csを全部選択すると、中心溝が赤で表示されます。

データを保存します。〇〇.argを右クリックし、FileSaveを選択します。

上書きします。同名の〇〇.argを選択し、Openを押し、Yesをおします。

Yesを押します。

以後Morphologist 2015は不要なので閉じます。

 

Cortical SurfaceSulcus Parameterization 2015をダブルクリックします。

を押します。

labelledでないのを選択します。とりあえずLeft Cortical folds graphとします。

label_values:csとし、sulcus_mesh:をクリックします。

Databaseを指定し、Data typeSulcus meshFile formatMESH meshsubjectを選択し、sulcus_namecssideleftとしてOkを押します。

Runを押します。

少し時間がかかります。coordinates_grid:のをクリックします。

このような「輪っか」ができてたら成功です。

sulciというフォルダが作成されています。

中にtxtというファイルが作成されています。ダブルクリックします。

3列からなる数値データです。中心溝を端から端まで100分割し、1列目は099番、2列目は深さ、3列目はprofileと称する溝の複雑さの指標だそうです。

pythonで結果を見てみます。といっても端末を開いてpythonとやってもpandasとかmatplotlibとかはそのままでは組み込まれていません。

なので、他のPythonの環境Python 2.7系列の64bit WindowsSpyderでみてみました

import matplotlib.pyplot as plt #描画ツール読み込み

import pandas as pd #テキストデータ読み込み

 

pathname=u'C:/Users/akira/OneDrive/ドキュメント/' # ファイルのあるフォルダ

filename=u'20000406_132343s002a1001_L_cs-depth.txt'

 

data=pd.read_table(pathname+filename) # テキストデータの読み込み

 

plt.title(u'depth and profile of left central sulcus', size=16) # タイトル表示

plt.plot(data.iloc[:,0],data.iloc[:,1:]) # グラフ表示

実行結果です。

青が深さ、緑が複雑さだそうです。