脳磁計は大脳皮質(cerebral cortex)にある錐体細胞(pyramidal cell)の電気活動をを捉えます。 詳しくは、錐体細胞の樹状突起(dendrite)で生じた細胞内電流によって生じた磁場を捉えます （興奮性後シナプス電位 Excitatory PostSynaptic Potential :EPSP）。 細胞外に生じた電流は互い打ち消しあうため磁場を生じないとされています。
１つの錐体細胞が活動しただけでは、脳磁計は磁場を計測できません。 何万もの錐体細胞が同時に活動して始めて脳磁計は磁場を計測できます。
脳磁計は検出コイルに垂直な向きの電気活動は計測できません。 脳表にある錐体細胞活動の計測は難しいとされています。
Biot-Savartの式に基づく等磁場線図のシミュレーションです。 0度は電流が図に対して垂直向きに、90度は電流が右から左へ向かっていることを示します。
