TkMedit Tools
FreeSurferのtkmeditというコマンドを使って結果を見てみます。
Desktopにakiraというフォルダが作成されたとします。
terminalを開き、
cshを実行し、
cd /home/centos/Desktop/akiraでカレントディレクトリを/home/centos/Desktop/akiraとします。
tkmedit akira orig.mgzと入力すると元画像が表示されます。
TkMedit ToolsのメニューバーからFile→Quitを選択していったん終了します。
tkmedit akira brain.mgzと入力すると中途半端に切り出された脳の画像が表示されます。
TkMedit Toolsを終了します。
tkmedit akira brainmask.mgz -aux T1.mgz -surfs -asegと入力すると区分データが表示されます。
TkMedit ToolsのFile→Load Segmenation ...を選択します。
aparc+aseg.mgzを選択し、OKボタンを押します。
皮質の色分けまで細分化されます。