TkMedit Tools

FreeSurferのtkmeditというコマンドを使って結果を見てみます。

Desktopにakiraというフォルダが作成されたとします。

terminalを開き、
cshを実行し、
cd /home/centos/Desktop/akiraでカレントディレクトリを/home/centos/Desktop/akiraとします。

tkmedit akira orig.mgzと入力すると元画像が表示されます。

TkMedit ToolsのメニューバーからFile→Quitを選択していったん終了します。
tkmedit akira brain.mgzと入力すると中途半端に切り出された脳の画像が表示されます。

TkMedit Toolsを終了します。
tkmedit akira brainmask.mgz -aux T1.mgz -surfs -asegと入力すると区分データが表示されます。

TkMedit ToolsのFile→Load Segmenation ...を選択します。

aparc+aseg.mgzを選択し、OKボタンを押します。

皮質の色分けまで細分化されます。