MNE導入

MNEはMassachusetts General HospitalのMartinos Center for Biomedical Imagingで開発されたフリーウェアです。 Neuromagユーザーの間で徐々に使われるようになってきています。

MNE homeで検索し、Downloadをクリックします。

登録してない場合は、hereを押します。

I Agreeボタンを押します。

必要事項を書き込んでRegisterを押します。

登録したメールアドレスにパスワードが送信されます。

メールアドレスとパスワードを記載してDownloadボタンを押します。

64bit Linux版をダウンロードします。 x86-64をファイル名に含んだものです。 2013.9.29の時点での最新版は2.7.0です。

VMwareを起動し、64bit CentOS 6.4を起動し、ダウンロードしたファイルをデスクトップにコピーします。

terminalを開き、
suでスーパーユーザーになり、
cd ./Desktopでカレントディレクトリを/home/centos/Desktopにし、
llでファイル名を確認し、
tar xzvf MNE-2.7.0-3106-Linux-x86_64.tar.gz -C /usr/localで/usr/localにMNEを展開します。

展開が終了しました。

yum install libXpでネット上のlibXpを組み込みます。

いろいろ聞かれますがyボタンを押し続けます。

組み込み終了です。

gedit ../.cshrcでgeditを開きます。

setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
setenv SUBJECTS_DIR /home/centos/Desktop
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
setenv MNE_ROOT /usr/local/MNE-2.7.0-3106-Linux-x86_64
source $MNE_ROOT/bin/mne_setup
という内容で.cshrcを/home/centosに保存してgeditを終了します。 尚.cshrcは隠しファイルです。

一旦terminalを閉じ、再度terminalを開き
cshと入力すると、.cshrcの設定が反映されます。

gedit $MNE_ROOT/mne_prepare.cshでgeditを開きます。

以下のようにタイプし、保存します。#はコメント文です。打つ必要はありません。
mne_setup_mri
mne_setup_source_space
mne_watershed_bem --atlas
mkheadsurf -subjid $SUBJECT -srcvol T1.mgz -hemi lh
mkheadsurf -subjid $SUBJECT -srcvol T1.mgz -hemi rh
cd $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/bem
mne_surf2bem --surf ../surf/lh.seghead --id 4 --check --fif ${SUBJECT}-head-dense.fif
mv ${SUBJECT}-head.fif ${SUBJECT}-head-sparse.fif
cp ${SUBJECT}-head-dense.fif ${SUBJECT}-head.fif
cd $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/bem/watershed
mne_convert_surface --surf ${SUBJECT}_inner_skull_surface --triout ../inner_skull.tri
cd $SUBJECTS_DIR
mne_setup_forward_model --homog --noswap --ico4
$MNE_ROOTにmne_prepare.cshという名前で保存されます。
一旦terminalを閉じます。
デスクトップのMNE-....tar.gzは不要なので削除します。

terminalを開き、
suでスーパーユーザーになり、
cd /usr/local/MNE...でディレクトリを$MNE_ROOTとし、
llでmne_prepare.cshを確認し、
chmod 777 mne_prepare.cshで実行可能ファイルにpermissionを変更します。
これで設定終了です。

permission変更後のmne_prepare.cshのpropertyです。