FreeSurferの導入

FreeSurferはMassachusetts General HospitalのMartinos Center for Biomedical Imagingで開発されたフリーウェアです。 脳の標準化機能を有し、多くの脳機能解析ソフトで用いられているようです。
FreeSurfer Wikiで検索します。

FreeSurfer download and installをクリックします。

Registrationをクリックします。

Follow this link to obtain a license keyをクリックします。

登録しlicense keyを取得します。

記入したメールアドレスにライセンスキーを含んだ返信メールが来ます。 CUT HEREの範囲を切り出して.licenseの名前で保存します。 .licenseはCentOSでは隠しファイルと認識されます。 CentOS側から見るときはll -aとします。

Deownloadをクリックします。

2013.9.27の時点でのホームページです。
Platformは64bit CentOS 6.4なので一番上を選択します。 容量が4.2GBあります。ダウンロードは数時間がかかりますので心してください。

ダウンロードしたファイルをCentOSのデスクトップにコピーします。

terminalを開きます。

suでsuperuserになり、
cd /home/centos/Desktopでカレントディレクトリを/home/centos/Deskto/とし(usernameはcentosです)、
tar xzvf freesurfer-Linux・・・-C /usr/localでfreesurfer-Linux・・・を/usr/localに展開します。

展開中。数分かかります。

インストールは終了しました。デスクトップのfreesufer-Linuxは削除します。

mv .license /usr/localで.licenseを/usr/local/freesurferに移動します。

terminalを開いて
gedit ./cshrcと入力し、geditを開き、 setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
setenv SUBJECTS_DIR /home/centos/Desktop
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
と入力して保存します。.cshrcというファイルが/home/centosに隠しファイルとして保存されます。

geditを閉じ、
cshと入力するといろいろ表示されてきます。これでFreeSurferを使う準備ができました。
作成した.cshrcはカレントディレクトリが/home/centosにないときは実行されません。