hns_fusionの使い方

内容

hns_fusionの使い方... 1

概要... 1

導入... 1

Windows... 1

Linux... 1

起動画面... 1

三次元データの追加... 1

座標合わせ... 1

MRIcroデータへ変換... 1

 

 

概要

hns_fusion.exe2つの三次元データを手動で位置合わせするアプリケーションです。現時点では64bit windows版と64bit Linux版のみです。またMATLAB Compiler Runtime (MCR) v81 (MATLAB R2013a)が必要です。32bit Windows版は作るかもしれません。Mac版は全く考えていません。

 

導入

Windows

MATLABのホームページhttps://jp.mathworks.com/products/compiler/mcr.htmlからR2013a (8.1) 64ビットを選択しMCR_R2013a_win64_installer.exeをダウンロードします。

MCR_R2013a_win64_installer.exeを実行し、指示に従ってMCR v81をインストールしてください。

hns_fusion.exehttp://meg.aalip.jp/freeware/resource/hns_fusion/hns_fusion.exeからダウンロードしてください。

Linux

Linux版のMCRv81、本家のは何故かうまくインストールできないことがありました。MCRInstaller.ziphttp://meg.aalip.jp/freeware/resource/MCR/lnx/MCRInstaller.zipからダウンロードしてください。またhns_fusion_lnxhttp://meg.aalip.jp/freeware/resource/hns_fusion/hns_fusion_lnx64から、run_hns_fusion_lnx64.shhttp://meg.aalip.jp/freeware/resource/hns_fusion/run_hns_fusion_lnx64.shからダウンロードしてください。

terminalを開いて<hns_fusion_lnx64のあるfolder>run_hns_fusion_lnx64.sh <v81のあるfolder>とすれば起動します。

OSCentOS6.8で、MCR/usr/local/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtmeに、hns_fusion_lnx64run_hns_fusion_lnx64.sh/home/centos/hns_fusionにある場合は以下のようになります。

何故かrun_hns_fusion_lnx64.shがあるところ以外でtermnalを開いて実行するとエラーが出ます。

画面が起動したところです。

 

起動画面

Hns_fusionを起動します。

DICOMファイルの読み込みます。

冠状断、矢状断、水平断が表示されます。

画面をクリックすれば、位置が変わります。

cursorfreehandにします。

画面をドラッグして領域を指定します。

autocontrastを選びます。

指定した領域のwindow levelwindow windowで画像の輝度が調整されます。

画像は0.5mm幅に線形補間された画素で表示されます。

 

三次元データの追加

新しいfigureを作成します。

DICOMを読み込みます。

freehandROIを設定し輝度を調整します。

骨に輝度を合わせました。

三次元データはfigure単位で保存されます。

座標合わせ

fusionコマンドを使い、重畳するfigureを選択します。

元画像は赤、新たに取り込んだ画像は緑で表示されます。

coregistを選択します。

緑の画像を動かします。

左ドラッグで平行移動、右ドラッグで回転移動になります。

zボタンで画面拡大(zoom)wボタンで(wide)画面縮小になります。

maxを選択すると両画面の最大信号値となります。

deltaを選択すると両画面の差分信号値となります。同じ信号値であれば灰色となります。

 

MRIcroデータへ変換

ポップアップメニューをmaxにした状態でanalyzeを選択し、書き込みファイル名を入力します。

MRIcroでファイルが開きました。ボクセルは0.5mm3です。

ポップアップメニューでgrayだと元画像が、/grayだと元画像の座標に変換された重畳画像が保存されます。

MRIcroを2つ並べることで座標が一致しているかどうかの確認ができます。