3. 構造データの取り込みと6箇所の基準点の決定

FreeSurferで予め以下のファイルを作成しておく必要あります。

MRIフォルダのT1.mgzとaseg.mgz

surfフォルダのlh.pial、rh.pial、lh.sphere.reg、rh.sphere.reg

Labelフォルダのlh.aparc.2009s.annot lh.aparc.annot lh.BA.annot rh.aparc.2009s.annot rh.aparc.annot rh.BA.annot

これらのファイルをbrainstorm_database/SEF/anat/akira/にコピーする。

正規の使い方ではありませんが、ファイルを削除する際、構造データも消える可能性があり、安全のためです。

akiraを右クリックしImport anatomy folderを選択します。

先ほどファイルをコピーしたフォルダを指定後、OKを押します。

Closeを押します。

座標合わせウィンドウが開きます。マウスの左クリックや中ボタンをグルグル動かすなどして６か所の基準点を大まかに決定します。

下の拡大ボタンを押して前交連(AC)、後交連(PC)、大脳半球間裂(IH)の基準点を決定したところ。

鼻根点、左右の耳介点を決定したところ。おおまかでいいです。よければSaveを押します。

構造画像データが取り込まれました。Aseg atlasを右クリックしてLess vertices...を選択します。

適当ですが15000にします。

OKを押します。

Aseg atlas_15011Vを右クリックしDisplayを選択します。

小脳や脳幹も表示されました。/3D:akiraウインドウは不要なので閉じます。