MRIcroを使って脳の切り出し

NeuromagのSeglab、Chris RordenさんのフリーウェアMRIcro、橋詰自作のフリーウェア hns_meg を使って脳の切り出しを行う方法について説明します。 MRIが最新のsurface coilでコイル表面に近いvoxelが高信号である場合には切り出しがうまくいかないことが多いようです。

SegLabで三次元配列fiffファイルの作成
SegLabを起動します。

setsフォルダから頭座標とMRI座標を一致させたfiffファイルを読み込みます。

doneボタンを押します。

三次元volumeデータのfiffファイルとして保存します。

ファイル名の最後をxxx_3D.fifとして保存します

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hns_megでAnalyze formatへ変換
hns_megを起動します。

メニューバーからFile→MRIcroを選択します。

一番上のSelect a *3D.fif fileボタンを押して、SegLabで作成した***3D.fifを選択します。 これでAnalyze formatで作成された***3D.hdrと***3D.imgの２つのファイルが作成されます。
hns_megは後で使いますので終了しないでください。

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MRIcroで脳の切り出し
MRIcroを起動します。

***3D.hdrを選択します。

メニューバーからEtc→Skull strip・・・を選択します。

Goボタンを押します。

***3D.hdrを選択すると、b***3D.hdrというファイル名が提示されます。 そのまま保存ボタンを押します。

脳の切り出し処理が行われます。

脳の切り出し処理が終わりました。 b***3D.hdrという名前で頭皮を除去したファイルが作成されました。

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hns_megでfiffファイルへ変換
hns_megに戻ります。

メニューバーからfile→MRIcroを選択します。

下のSelect a *3D.hdr fileボタンを選択します。

頭皮を除去したファイルを選択します。 上ボタンのfiffファイルをコピーして中身が頭皮除去のデータに置き換わり、 ***3D.fifという名前でファイルが保存されます。

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SegLabでメッシュファイル作成

SegLabに戻ります。

メニューバーからFile→Open fiffを選択します。

新しいfileを開いていいかと聞かれた場合にはYesボタンを押します。

頭皮を切り出したfifファイルを選択します。

Doneボタンを押します。

メニューバーからWindows→Commandsを選択ます。

triangulate3Dを選択し、Evalボタンを押します。

Point3Dボタンを選択します。

脳実質をマウスでクリックし、OKボタンを押します。

Meshが作成されました。Mesh InfoのOKボタンを押します。

Mesh WindowのメニューバーからFile→Save As Meshを選択します。

Unitsをm、Coords.をHeadにします。

ファイル名を***.meshという名前で保存します。

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RendererBrainSurfaceで脳表画像作成

RendererBrainSurfaceを起動します。

頭皮を除去したファイルを選択します。

脳を地球とした場合、赤道方向に30度ずつ、北極方向から緯度方向に30度ずつ回転した画像が作成されます。

画像ファイルが作成されました。Windowは自動では閉じないので手動で閉じます。

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（その他）MRIcroでvoxelを立方体に
脳を切り出しただけではMRIcroでは3D表示がうまくいきません。 voxelを立方体にする必要があります。

メニューバーからEtc→Convert anistotropic・・・を選択します。

OKボタンを押します。

s***.hdrというファイル名が提示されます。保存ボタンを押します。

新たにs***.hdrというファイル名を選択し、開きます。

SizeがX・Y・Zで等しくなっています。 3Drenderボタンを押します。

これで縦横高さの比が1:1:1の3D画像が作成できました。

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