非公式広島大学病院脳磁図室ホームページ

ニューロマグシステムの機能を補強するソフトウェア

ニューロマグシステムの機能を補強するソフトウェアを開発しました。
MS-Windows XPのみで動作確認しています。自由にダウンロードして使っていただいて結構です。
但しソフトを使用して生じたいかなる結果に対しても当方は責任を負いません。

CT画像をMriLabで使うためのソフト 2005.8.4 改訂
FIFF fileを行列演算ソフトMatlabのMat fileに変換するソフト 2007.5.10 改訂
FIFF fileを行列演算ソフトMatlabのMat fileに変換するソフト 2014.1.24 改訂

尚Kimmo Uutela氏が作成したFIFF fileをHP-UXまたはLinux版Matlabで読み書きできるプログラムは
http://www.kolumbus.fi/kuutela/programs/meg-pdを参照ください。
MAT fileをFIFF fileに変換するソフト
 FIFF fileを行列演算ソフトScilabのDat fileに変換するソフト 2005.2.8 改訂
MCEの結果をslide barで見るソフト 2009.2.8 改訂
てんかん解析支援ソフト 2014.2.16 改訂

DICOMviewer_2.exe(ダウンロード 676kB)
　16bitで保存されたDICOM画像を8bitに変換するソフトです。Microsoft Windows 98SE、2000, XPで動作確認しています。 GE社製のDICOM画像は認識しますが、日立社製CTのDICOM画像では動作しません。

CT画像を読んだところを図に示します。

　CT画像がニューロマグ社のMriLabで認識されたところを図に示します。

Fiff2MatFile_4.exe（ダウンロード 395kB）
ニューロマグ社のファイルFIFF fileをMathWorks社製Matlab（Microsoft Windows版）のMAT fileに変換するソフトです。 Microsoft Windows XPとVistaで動作確認しています。

Fiff2MatFileでfiff fileが読み込まれたところを図に示します。

Fiff2MatFileで変換されたfiff fileがMatlabで認識されたところを図に示します。

MaxFilterではFIFFのversionが1.1から1.2に変更になり、従来とかなり構造が変化しています。また、磁場計測のAcquisitionプログラムにも変更があり、チャンネル名の順番も変わることがあります。 Fiff2MatFile_4.exeではうまく読み込めません。そこで新たにFiff2MatFileを作成しました。

MATLAB R2013aとMATLAB Compiler 4.17で MATLAB不要のstand aloneの実行ファイルを作成しました。
因みに開発環境は以下の通りです。

	OS	compiler
32bit windows	64bit MS-Windows 7 home	MS Visual Studio 2008
64bit windows	64bit MS-Windows 7 home	MS Visual Studio 2008
64bit Mac OSX	OSX v10.8	MS XCode 4.6
64bit Linux	64bit Cent OS 6.3	GNU GNU gcc/g++ 4.4.6

MATLAB Compiler Runtime (MCR)をインストールすることで MATLABなしで実行ファイル化したMATLABのプログラムを実行することができます。
MCRのインストールにはMCRInstallerを用います。

OS		Installer		インストール方法
32bit MS-Windows	・・・	MCRInstaller.exe(397MB)	・・・	EXEファイルをダブルクリック
64bit MS-Windows	・・・	MCRInstaller.exe(424MB)	・・・	EXEファイルをダブルクリック
64bit Mac OSX	・・・	MCRInstaller.zip(368MB)	・・・	DMGファイルをダブルクリック→PKGファイルをダブルクリック
64bit Linux	・・・	MCRInstaller.zip(403MB)	・・・	terminalを開きunzip MCRInstaller.zipで解凍後、installとタイプ

WindowsやMacではアイコンをダブルクリックするだけでインストールできますが、 Linuxはダブルクリックに対応してないのでterminalを開いてコマンド入力する必要があります。

OS		Installer		解凍方法
32bit MS-Windows	・・・	Fiff2MatFile_win32_pkg.exe(594kB)	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit MS-Windows	・・・	Fiff2MatFile_win64_pkg.zip(624kB)	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit Mac OSX	・・・	Fiff2MatFile_mac64_pkg.zip(374kB)	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit Linux	・・・	Fiff2MatFile_lnx64_pkg.zip(308kB)	・・・	terminalを開きunzipコマンドで解凍

以前はMCRInstallerを含んだものをpackage化してたのですが、 MCRInstallerが数百MBと肥大化したので、MCRInstallerナシのものだけです。

解凍されるとFiff2MatFile_xxxが出てきます。実行方法は以下の通りです。

OS		実行ファイル名		実行方法
32bit MS-Windows	・・・	Fiff2MatFile_win32.exe	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit MS-Windows	・・・	Fiff2MatFile_win64.exe	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit Mac OSX	・・・	Fiff2MatFile_mac64	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit Linux	・・・	Fiff2MatFile_lnx64	・・・	terminalを開きrun_Fiff2MatFile_lnx64.sh （MCRのフォルダ）/(MCRのバージョン)

Linuxは結構面倒です。自分の場合
./run_Fiff2MatFile.sh /usr/local/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v81
とします。以前はMacでもtermeinalを開いて
./run_Fiff2MatFile.sh /Application/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v81
などとする必要がありましたが、今はアイコンダブルクリックでOKみたいです。

Fiff2MatFileで出力された変数の詳細はFiff2MatFileの説明を参照ください。また Fiff2MatFileの活用例は国立精神・神経センター武蔵病院　金子裕先生のホームページを参照ください。

MATファイルをFIFFファイルに変換するソフト Mat2Fiff

MATLABで作成した脳磁図データをFIFFファイルに変換するソフトです。 MCRが必要です。 脳磁図データには以下の名前の二次元配列が必要です。

MEG Nサンプル×204か306チャンネル
time Nサンプル×1
EEG Nサンプル×任意の数のチャンネル

上記を***.matというファイル名で保存します。次に、Mat2Fifを起動します。元になるFIFFファイルを指定し、チャンネル情報、サンプリング周波数、プロットした点等を再利用します。先ほど保存した***.matを読み込むと、***.fifというファイル名でFIFFファイルに変換されます。 evoked FIFFのみに対応しています。continuous FIFFには対応していません。

OS		実行ファイル名		実行方法
32bit MS-Windows	・・・	Mat2Fiff_win32	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit MS-Windows	・・・	Mat2Fiff_win64	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit Mac OSX	・・・	Mat2Fiff_mac64	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit Linux	・・・	Mat2Fiff_lnx64	・・・	terminalを開きrun_Mat2Fiff_lnx64.sh （MCRのフォルダ）/(MCRのバージョン)

Fiff2sci_1.exe（ダウンロード 359kB）
ニューロマグ社のファイルFIFF fileをフランス国立コンピュータ科学・制御研究所 (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique: INRIA)で製作された行列演算ソフトScilabのDat fileに変換するソフトです。フリーウェアで、 http://scilabsoft.inria.fr/からダウンロードできます。
Scilab自体がMatlabのbinary format、Mat fileを直接読み込む機能があるので、 Fiff2MatFileでMat fileに変換後に
loadmatfile(target Mat-file);
でもFiff fileの情報をScilabに読み込むことができます（この方法のほうがFiff情報が多い）。

Fiff2Sciでfiff fileが読み込まれたところを図に示します。
Fiff2Sciで変換されたdat fileをload('.....dat');で読み込み、読み込まれた変数をwho_user;で確認したところを示します。
Scilabの使い方についての簡単な説明はScilabの使い方を参照ください。
またScilabの詳細については SCILAB日本語ページを参照ください。

MCE Viewer
Minimum Current Estimationの結果をPCでみるためのソフトです。電流源推定はしません。

MATLAB 2008b(32bit版)のMATLAB Compilerで作成しました。橋詰と同じMATLAB環境にない場合にはMATLAB Componet Runtime (MRC)もinstallする必要があります。 MRCがあれば、単体のMCEViewer.exeのdownloadのみでOKです。

MCEViewer.exe (94kB) ・・・MCRが既にinstall済みの場合
MCEViewer_pkg.exe (261.3MB) ・・・MCRが未だinstallされてない場合

pointsetとtrinetのファイルは/neuro/mce/var/pointsetsにあります。脳表の三角メッシュと脳内の格子点の数をcheckし、OKだと上記の画面が表示されます。脳表三角メッシュの絵は、まがいものです。電流源推定されたものではありません。実際に電流源推定されたものはnormal modeをaccurate modeにしたものです。

てんかん解析支援ソフトhns_meg

Graphでてんかん解析をするのにうんざりした人、てんかん解析を迅速化したい人のために作成しました。 Matlab R2013aとVisual studio 2008 (win32/64)またはXcode 4.6、GNU gcc/g++ 4.4.6で作成しました。電流源推定はしませんが、等磁場線図やセンサー信号を脳メッシュに投射した絵は出せます。 Matlabは不要ですが、MATLAB(R) Compiler Runtime 8.1 (MCR)を使います。
学会発表や論文で引用しやすいように広島大学の英文雑誌に投稿しました。

Hashizume A, Kurisu K, et al.
Develeopment of a Freeware for Analysis of Neuromagnetic Epileptic Discharges.
Hiroshima J.Med.Sci 59(2):21-25,2010

患者情報になるので個人のホームページにはデモ画面は載せません。橋詰の自発脳磁場のデータを載せます。

raw-dataのあるFIFF fileを読み込んだとき。脳波データがあれば64chまでの脳波の波形も表示されます。脳波は単極誘導・双極誘導の指定ができます。心電図・眼電図は単極１chのみ指定できます。

帯域通過フィルタ10～20Hzで1秒毎の最大傾斜磁場のトポグラフィの一覧。クリックするとその時間の波形が表示されます。
planar gradiometerだけ使っています。

右上の淡く表示されたセンサーの波形を表示。センサーをクリックすれば、クリックしたセンサーを中心にいくつかのセンサーが選択され、その波形が表示されます。右中・右下は任意の時間における等磁場線図と傾斜磁場トポグラフィ。波形をクリックすると任意の時間における等磁場線図・傾斜磁場トポグラフィが表示されます。

波形を脳表に貼り付けることもできます。

時間周波数マップを脳表に貼り付けることもできます。

センサー信号を脳メッシュに投射した図です。スライドバーを動かすことで動画っぽくなります。

Attention! MCR (R2013a) is required

OS		Installer		extraction
32bit MS-Windows	・・・	hns_meg_win32_pkg.exe(8.1MB)	・・・	double-click the icon
64bit MS-Windows	・・・	hns_meg_win64_pkg.exe(7.4MB)	・・・	double-click the icon
64bit Mac OSX	・・・	hns_meg_mac64_pkg.zip(3.7MB)	・・・	double-click the icon
64bit Linux	・・・	hns_meg_lnx64_pkg.zip(6.7MB)	・・・	open the terminal, and type unzip filename

以前はMCRInstallerを含んだものをpackage化してたのですが、 MCRInstallerが数百MBと肥大化したので、MCRInstallerナシのものだけです。
解凍されるとhns_meg_xxxが出てきます。実行方法は以下の通りです。

OS		実行ファイル名		実行方法
32bit MS-Windows	・・・	hns_meg_win32.exe	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit MS-Windows	・・・	hns_meg_win64.exe	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit Mac OSX	・・・	hns_meg_mac64	・・・	アイコンをダブルクリック
64bit Linux	・・・	hns_meg_lnx64	・・・	terminalを開きrun_hns_meg_lnx64.sh （MCRのフォルダ）/(MCRのバージョン)

Linuxは結構面倒です。自分の場合
./run_hns_meg.sh /usr/local/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v81
とします。以前はMacでもtermeinalを開いて
./run_hns_meg.sh /Application/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v717
などとする必要がありましたが、今はアイコンダブルクリックでOKみたいです。

またhns_megには

NeuromagのSeglabとフリーウェアのMRIcroを使って脳の切り出しを簡便に行う機能を設けています。