mjk LISPその4

xplotter. 1

SSP. 1

xfit 1

xplotter

Graphを再起動します。

(progn

(setq filename "/neuro/data/case00/SEF_median_ave.fif")

(set-resource (G-widget "file")

:filename filename

:dataname "*"

)

(link (G-widget "file")(G-widget "display"))

)

nil

control-panelを開き、displayとのリンクを切って、xplotteを起動します。

xplotterはG-widgetではcommandというtypeになっています。また起動に癖があり、いろいろ試したら以下の順番だとエラーなしで起動できました。どうも(xplotter-show-data *this*)という文言があるとダメみたいです。

(progn

(manage *control-panel*)

(GtUnlinkWidget (G-widget "file"))

(setq xp (require-widget :command "xp"))

(require "xplotter")

(set-resource xp

:active nil

:require-hook nil

:activate-hook '(xplotter *this*)

:deactivate-hook '(kill-xplotter *this*)

;:update-hook '(xplotter-show-data *this*)

)

(link (G-widget "file") xp)

(set-resource xp :active t)

)

t

一旦xplotterを起動した後で(xplotter-show-data *this*)を実行すると波形が表示されます。

(xplotter-show-data *this*)

0

SSPがかかってない状態で表示されています。magnetometerの波形がscale outしています。

因みにxplotter-show-dataのUsageみてみると(xplotter-show-selectionになってます。

これが原因で先ほどのprogn以下の実行文にxplotter-show-dataを含んでも実行されないのかもしれません。

SSP

SSPを適応します。ssp.lspを読み込みます。

(progn

(require "ssp")

(setq ssp (G-widget "ssp"))

(link (G-widget "file")ssp)

(link ssp xp)

)

nil

ssp.lspを参考にして試みますが、うまくいきません。

(ssp-load-file :filename "/neuro/data/case00/SEF_median_ave.fif")

この後sspのmjk LISPコマンドでいろいろ実行したかったのですが、どうもよくわからないのでssp-dialogを開いてメニューバー操作とします。

(ssp-popup)

#<X-widget>

File→Loadで最初に読み込んだファイルそのものを選択します。

SSPファイルが出てきます。全部選んで->を押します。

SSPが右にも表示されますが・・・

チャンネル数が合わないとエラーが出ます。

チャンネル数を合わせます。pick widgetを使います。

(progn

(setq meg (require-widget :pick "meg"))

(set-resource meg :names '("MEG*"))

(link (G-widget "file")meg)

(link meg ssp)

(resource meg :channels)

)

306

->を押してもエラーは出ませんが、xplotterは変わりません。

SSP vectors ONを選択してOnを押してもxplotterの画面は変わりません。

kill-xplotter関数でxpを除去して、再度作成し、リンクを繋ぎます。

(progn

(kill-xplotter *this*)

(GtDeleteWidget xp)

(setq xp (require-widget :command "xp"))

(set-resource xp

:active nil

:require-hook nil

:activate-hook '(xplotter *this*)

:deactivate-hook '(kill-xplotter *this*)

)

(link ssp xp)

(set-resource xp :active t)

(xplotter-show-data *this*)

)

0

SSPがかかった状態でxplotterに表示されました。

もし

が出たらONをおして再度上記を実行してください。

-20〜50msecを表示します。

(progn

(xplotter-show-data xp :start -0.02 :end 0.05)

(setq stream (resource xp :stream))

(xplotter-command "autoscale" stream)

)

“OK”

平面型グラジオメータだけ表示します。

(xplotter-command "layout /neuro/lout/vv_planar.lout" stream)

“OK”

全センサを選んで、-0.05〜0.2秒を表示させ、時間幅・振幅を自動調整し、2〜100Hzの帯域通過フィルタ、60Hzで幅3Hzのnotchフィルタをかけます。

(progn

(xplotter-command "layout /neuro/lout/vv_all.lout" stream)

(xplotter-show-data xp :start -0.05 :end 0.2)

(xplotter-command "autoscale" stream)

(xplotter-command "filter highpass 2 lowpass 100 notch1 60 3" stream)

)

“OK”

周波数フィルタをOFFにしてbaselineを-50〜-5msとします。

(progn

(xplotter-command "filter off" stream)

(xplotter-command "baseline -50 -5" stream)

)

“OK”

残念ながらxplotterでかけたfilterやbaselineはget-data-matrix関数で取得することはできません。

baselineあり、なしで差分をとって最大値・最小値を表示させます。

(progn

(setq x (list (resource xp :low-bound)(resource xp :high-bound)))

(setq x1 (get-data-matrix xp (first x)(second x)))

(xplotter-command "baseline off" stream)

(setq x2 (get-data-matrix xp (first x)(second x)))

(matrix-extent (- x1 x2))

)

( 0.0 0.0)

念のためG-widget “display”を繋いで試してみます。

(progn

(link xp (G-widget "display"))

(xplotter-command "baseline -50 -5" stream)

(setq x (list

(resource (G-widget "display") :low-bound)

(resource (G-widget "display") :high-bound))

)

(setq x1 (get-data-matrix (G-widget "display") (first x)(second x)))

(xplotter-command "baseline off" stream)

(setq x2 (get-data-matrix (G-widget "display") (first x)(second x)))

(matrix-extent (- x1 x2))

)

( 0.0 0.0)

xplotterでの信号処理した結果はmjkLISPには出力されないようです。

因みに

x

(0 553)

(sample-to-x (G-widget "display")(first x))

0.0

ですが、

(resource (G-widget "display") :point)

-0.0509184002876

とpointは0になっていません。

xfit

Graphを再起動します。

(progn

(setq file (G-widget "file"))

(setq meg (require-widget :pick "meg"))

(set-resource meg :names '("MEG*"))

(require 'ssp)

(setq ssp (G-widget "ssp"))

(setq display (G-widget "display"))

(link file meg)

(link meg ssp)

(link ssp display)

(setq filename "/neuro/data/case00/SEF_median_ave.fif")

(set-resource file :filename filename :dataname "*")

)

t

control panelはこんな感じです。

sspをonにします。

(progn

(setq ssp-vector-directory "/neuro/data/case00/")

(ssp-popup)

)

#<X-widget>

リンクを繋ぎなおし、xfitを読み込みます。

(progn

(link ssp display)

(require 'xfit)

)

(("pca" progn

(make-menu ssp-actions-menu "Add PCA fields" nil

'(" 1 vector" (graph::ssp-add-pca 1))

'(" 2 vectors" (graph::ssp-add-pca 2))

'(" 3 vectors" (graph::ssp-add-pca 3))

'(" 5 vectors" (graph::ssp-add-pca 5))

'(" 8 vectors" (graph::ssp-add-pca 8))

'("12 vectors" (graph::ssp-add-pca 12))

'(" N vectors" (graph::ssp-add-pca)))

))

xfitを起動します。

(xfit)

" OK xfit will soon appear on 10.151.150.86:0.0"

-0.05〜0.5秒をxfitに転送し、頭座標の中心座標を-3.48、12.00、44.75mmとし、23msecの等磁場線図を表示させます。

(progn

(set-resource display

:selection-start -0.05

:selection-length 0.5

)

(xfit-command "fixorigin")

(xfit-transfer-data)

(xfit-command "origin head -3.48 12.00 44.75")

(xfit-command "pick 23")

(xfit-command "fullview")

)

" OK"

fullviewで見てみるとSSPはかかっていません。

default-data-sourceを”meg”から”display”に変更し、xfitにデータを送ります。

(progn

(setq default-data-source "display")

(xfit-transfer-data)

(xfit-command "fullview")

(xfit-command "pick 23")

)

“OK”

SSPはかかりましたが、23msecにはなっていません。

Scalesを見てみます。Time minが0.0msecになっていまｓ。

−50msecから始まっているので50+23msecを表示させます。

(xfit-command “pick 83”)

“OK”

これはbugです。x-selectionを0〜500msecとしてxfitに転送し、23msecを選択します。

(progn

(set-resource display

:selection-start 0.0

:selection-length 0.5

)

(xfit-transfer-data)

(xfit-command "pick 23")

)

“OK”

時間が全然変わってません。

以下のようにdata-window widgetを間にいれることで時間軸を変えていきます。

(progn

(setq win (require-widget :data-window "win"))

(set-resource win :point 0.05 :start 0 :end 0.5)

(link ssp win)

(link win display)

(set-resource display

:selection-start 0.0

:selection-length 0.5

)

(xfit-transfer-data)

(xfit-command "pick 23")

)

“OK”

なんかいい感じです。

ここで電流源推定します。

(xfit-command “fit 23”)

“OK”

全チャンネルを使ってるんでg/%は58.9%にとどまっています。

std-selections.lspを読み込み、以下のようにします。

(progn

(require 'std-selections)

(setq pick (G-widget "pick"))

(link win pick)

(link pick display)

;(use-selection "Vectorview" "left-parietal" pick display)

)

nil

センサを選択するのですが、mjk LISPで以下のようにします。

(use-selection "Vectorview" "left-parietal" pick display)

nil

データをxfitに転送して電流源推定を行います。

(progn

(set-resource display

:selection-start 0.0

:selection-length 0.5

)

(xfit-transfer-data)

(xfit-command "pick 23")

(xfit-command "fit 23")

(xfit-command "fullview")

)

“OK”

選択されたセンサのみが表示されます。

g/%は90.3%となりました。

/neuro/data/case00/dipole.bdipという名前で電流双極子を保存します。

(xfit-command "dipsave /neuro/data/case00/dipole.bdip")

“OK”

ごちゃごちゃしたんで清書します。いったんGraphを閉じます。

(exit)

Yesを押します。

(progn

(setq file (G-widget "file"))

(setq filename "/neuro/data/case00/SEF_median_ave.fif")

(set-resource file :filename filename :dataname "*")

(setq display (G-widget "display"))

(setq meg (require-widget :pick "meg"))

(set-resource meg :names '("MEG*"))

(require 'ssp)

(setq ssp (G-widget "ssp"))

(setq win (require-widget :data-window "win"))

(set-resource win :point 0.05 :start 0 :end 0.5)

(setq baseline (require-widget :baseline "baseline"))

(set-resource baseline :start -0.05 :end -0.01)

(setq fil (require-widget :fft-filter "bandpass"))

(set-resource fil :pass-band '(band-pass 2 100))

(require 'std-selections)

(setq pick (G-widget "pick"))

(link file meg)

(link meg ssp)

(link ssp win)

(link win baseline)

(link baseline fil)

(link fil pick)

(link pick display)

(require 'xfit)

(setq default-data-source "display")

)

“display”

こんな感じになります。ベースラインは−50〜−10msec、周波数帯域通過フィルタは2〜100Hzです。

SSPをかけます。

(progn

(setq ssp-vector-directory "/neuro/data/case00/")

(ssp-popup)

)

nil

23msecの等磁場線図と21〜25msecまで1msec間隔で単一電流双極子推定を行いました。

(progn

(use-selection "Vectorview" "left-parietal" pick display)

(set-resource display :selection-start 0.0 :selection-length 0.5)

(xfit)

(xfit-command "fixorigin")

(xfit-transfer-data)

(xfit-command "origin head -3.48 12.00 44.75")

(xfit-command "pick 23")

(xfit-command "fit 21 25 1")

)

“OK”