白質メッシュ作成

作成に相当時間がかかります。覚悟してください。
3D Volume Toolsを開き、SegmentationタブのOptionsボタンを押します。

Segmentation OptionsウィンドウのAutomatic segmentationボタンを押します。

Automatic Cortex Segmentation and ReconstructionウィンドウのRemove bridegesにクリックを入れ、 Startボタンを押します。

MRI画像に色がつきます。いろいろ処理をしてしばらくすると、 Smoothed intensity histogramウィンドウと、Accept or adjust white/grey matter cut valueウィンドウが表示されます。

OKボタンを押すと、処理が進みます。また途中で注意ウインドウが表示されますが、そのままOKボタンを押します。

処理中・・・

処理中・・・

無事終了すればBrain Voyagerのウィンドウ、Smoothed intensity histogramのウィンドウ、 その下にGrey and white matter peaksのウィンドウが表示されています。

以下の６つのメッシュファイル、srf fileが作られているはずです。

	xxx_LH_RECO.srf	左半球再構築
	xxx_LH_RECOSM.srf	左半球再構築平滑化
	xxx_LH_WM.srf	左半球白質
	xxx_RH_RECO.srf	右半球再構築
	xxx_RH_RECOSM.srf	右半球再構築平滑化
	xxx_RH_WM.srf	右半球白質

srfファイルは両半球のメッシュ２つを、読み込みます。
即ち、メニューバーからMeshes->Load mesh...とMeshed->Add esh...と２回srfファイルを読み込みます。

左からRECO、RECOSM、WM srfを読んだところです。

白質がキチンと分画されているかどうかは以下のようにして調べます。
メニューバーからMeshes->Mesh transformation options...を選びます。

Project STF into .VMRを選択します。

メッシュで選んだところが黄色で表示されています。

お疲れ様でした。